次氯酸鈉液體投入水中，瞬時水解形成次氯酸和次氯酸根，因次氯酸是很小的中性分子，不帶電荷，能迅速擴散到帶負電的菌(病毒)體表面，并通過細菌的細胞壁，穿透到細菌內，次氯酸較強氧化性破壞了菌體和病毒上的蛋白質等酶系統;從而殺死病原微生物。